Ripercorrere le vicende costruttive della chiesa di San Sebastiano sin dalle origini significa immergersi nel Medioevo, quando in questo luogo si ergeva la chiesetta di San Giacomo. L’estinguersi dell’omonima Confraternita alla fine del Quattrocento comportò il primo rinnovarsi dell’edificio, che mantenne l’antica titolazione e vi aggiunse il culto di San Sebastiano.

Pur non essendo sopravvissuta traccia neppure della chiesa cinquecentesca, numerose sono le notizie ad essa riferite: sappiamo infatti che non solo l’interno era affrescato con le storie del Martirio di San Sebastiano, ma anche la facciata presentava un dipinto con i due santi Giacomo e Sebastiano ai lati del Crocifisso. L’edificio sopravvisse sino alla metà del XVI secolo, quando gli eventi bellici resero necessaria la sua ricostruzione, avviata alla fine dello stesso secolo: i primi interventi si conclusero con la facciata del 1621 e la nuova chiesa fu consacrata quattro anni più tardi. Lungo tutto il corso del XVII secolo la Confraternita si prodigò in continui interventi per l’ampliamento e l’abbellimento dell’ edificio: dalla decorazione ad opera del Molineri degli anni Venti all’ampliamento dell’ oratorio nel 1663, che ingrandì l’aula portando la facciata alla posizione attuale. Nel secolo successivo si intervenne massicciamente con la costruzione della Sacrestia e della Sala del Consiglio e il  rinnovamento del presbiterio e del coro (1736-54). Al secolo XIX si deve infine il rifacimento complessivo della navata, con l’apertura delle due cappelle laterali, il completamento della facciata neoclassica (1889) e il campanile neogotico (1899). Dopo il secondo conflitto mondiale l’edificio è a poco a poco decaduto, raggiungendo uno stato di quasi abbandono. I radicali lavori di restauro, a partire dal 2003, hanno lo riportato all’antico splendore.

La situazione di degrado nella quale venne a trovarsi la chiesa di San Sebastiano alla fine del XVII secolo fu il motivo per cui, già nel 1702, si rese necessario rimuovere l’intonaco sulla volta della navata e provvedere alla sua reintonacatura. Si dovettero però attendere altri vent’anni perché si procedesse con una nuova serie di lavori, volti soprattutto a riplasmare la zona del coro: nel 1729 il consiglio propose di intervenire per “maggior abbellimento di questa Confraternita, [...] con il farvisi in essa chiesa quale altre opere che pon renderla decorosa”, e con la delibera del 6 maggio 1730, venne dato il permesso di iniziare i lavori per la “rimodernazione del coro”. L’intervento portò dunque alla modificazione dello spazio precedente, realizzato dai mastri Fontana e Scala alla fine del Cinquecento: si procedette, tra il 1730 e il ‘31, alla tamponatura del portone che si apriva dietro l’altare (di cui oggi rimane traccia nella cornice sulla faccia esterna del muro), alla realizzazione dei due nicchioni laterali e, contemporaneamente, alla costruzione dei nuovi locali adiacenti della sacrestia e della sala del Consiglio. I lavori per il nuovo altare ritardarono sino alla seconda metà degli anni ‘30, quando nel 1736 venne richiesta la consulenza dell’architetto monregalese Francesco Gallo; ancora, nel 1741 la Confraternita deliberò di sostenere le spese per “la reforma de’ banchi da reporsi in suddetto coro”, oltre che per la pulitura dell’ancona, il rifacimento della balaustra e “la pittura degli archi latterali per uniformarli all’arco anteriore e al detto choro”. Il coro attuale, reso più luminoso grazie all’apertura delle finestre nei nicchioni, è dunque in massima parte il frutto degli interventi settecenteschi: l’elegante e imponente altare alla romana (ovvero avanzato rispetto al muro di fondo del presbiterio) fu realizzato, in sostituzione di quello ligneo, in marmi policromi, con erme di angeli e putti nelle decorazioni in stucco del luganese Cipriano Beltramelli anche nel paliotto, la cui cartella centrale reca le frecce simbolo di San Sebastiano. Gli stalli lignei del coro ricoprono, seguendone l’andamento curvilineo, la parete di fondo, e sono separati dallo spazio del presbiterio da alcuni elementi sopravvissuti dell’antica balaustra in legno; lo spazio antistante l’altare è invece delimitato dai due bracci della balaustra in marmo, uniti tra loro da un cancello in ferro lavorato. La decorazione delle pareti e della volta, che si staccano decisamente dagli affreschi della navata realizzati dal Toselli nella prima metà dell’Ottocento, si caratterizza per le finte architetture di Pietro Antonio Pozzi, in cui si inserisce l’affresco della Gloria del Paradiso dipinto da Alessandro Trono nella volta. Appartengono invece ai primi decenni del XVII secolo l’ancona centrale con la Crocifissione e i santi Giacomo, Sebastiano e due confratelli del Molineri, che campeggia sulla parete di fondo al centro del presbiterio, esaltata da una colonna e una lesena che la incorniciano accentuando la monumentalità della parete; effetto che ritroviamo negli evangelisti dipinti dallo stesso pittore nelle vele laterali.